A la fin du XVe siècle et au XVIe siècle,
au plus fort de la période de l’Inquisition espagnole, de nombreux Juifs du royaume voisin de Navarre, mais aussi de Castille, de Galicie et du lointain Portugal qui refusaient la conversion ont fui les persécutions.

Les Juifs séfarades (séfarad en hébreu désigne l’Espagne), refusant les baptêmes forcés, fuyant l’Inquisition, trouvent refuge en Europe du Nord (Amsterdam, Hambourg), au Maghreb (Maroc, Tunisie, Algérie), dans l’Empire Ottoman (Constantinople, Smyrne, Thessalonique) et bien sûr en Aquitaine (Bayonne, Peyrehorade, Bidache, Labastide Clairence, Bordeaux).
Nombre d’entre eux se sont installés à Saint Esprit-lès-Bayonne. Ils ont trouvé un refuge relatif dans la région et ont contribué à l’essor économique de la ville de Bayonne, notamment en introduisant la fabrication et le commerce du chocolat.

Le nom de « Nefousoth Yehuda » (les exilés de Juda) devint l’emblème de la communauté de Bayonne du fait que certains Juifs, installés dans la péninsule ibérique bien avant la destruction du second Temple, venaient de la tribu royale de Juda.
Les Juifs connurent une première période où ils durent pratiquer secrètement le judaïsme comme des Marranes*. La seconde période fut celle d’un édit royal qui reconnut les Juifs comme « Nation Portugaise » sans prononcer le nom de Juifs, mais qui les autorisa en fait à judaïser d’une façon ouverte. Les Juifs de Bayonne ainsi que ceux des Pays Bas et même ceux originaires d’Espagne adoptèrent cette dénomination de « Juifs portugais ». Ils conservèrent un rituel très spécifique et authentique et des érudits estiment que certaines prières proviennent des rites du Temple de Jérusalem.
*Marrane : juif ou descendant de juif d’Espagne ou du Portugal, converti au christianisme, mais resté secrètement fidèle aux croyances et aux pratiques juives ancestrales.