Au début du XXe siècle la population juive locale est tournée vers Bayonne et son Grand Temple. Mais c’était sans compter l’influence et la volonté des résidents juifs étrangers, russes pour la plupart, qui souhaitaient une synagogue digne de leur notoriété.
Cependant le Consistoire de Bayonne, craignant une perte de pouvoir et de revenus va freiner considérablement un projet de synagogue à Biarritz. Une première tentative menée en 1895 par les frères Gabriel et Émile Pereyre de Bayonne va échouer car le terrain proposé par les frères Pereyre sur leur propriété au 9 rue des Ecoles est jugé trop excentré par rapport au quartier chic de Biarritz où habitent les principaux donateurs, dont les familles Poliakov et Brodsky.
La synagogue sera finalement construite rue Pellot à proximité de l’église orthodoxe russe et de la chapelle impériale ; ses plans ont été dessinés dès 1896 par l’architecte bayonnais Charles Pasquier, concepteur entre autres du casino municipal de Biarritz. Elle sera financée grâce à de nombreux mécènes y compris étrangers, sollicités par des souscriptions.
La synagogue est inaugurée officiellement le 7 septembre 1904, soit moins d’un mois après l’achat du terrain car, en fait, les travaux avaient été commencés sans attendre l’officialisation de l’acquisition ni même l’autorisation ministérielle.
Les membres du Consistoire de Bayonne, les donateurs, les notables des communautés juives de Toulouse, Bordeaux et Paris, ainsi que de nombreux invités catholiques assistèrent à la cérémonie. Le discours de consécration fut prononcé par le Grand-Rabbin de Bayonne, Émile Lévy.
L’architecture de ce qui constituera la dernière synagogue construite dans le sud-ouest de la France est de style romano-byzantin. Doté d’une façade sobre, surmontée des Tables de la Loi, l’édifice porte sa date de construction dans le calendrier grégorien et l’inscription suivante : « Aime ton prochain comme toi-même » (Lévitique 19,18).